В декабре 2024 года Симоновский районный суд Москвы вынес приговорил М. Коваля, И. Нагорнову и Н. Ухову к лишению свободы за организацию деятельности признанных нежелательными организаций В. Мунтяна. В августе 2025 года Мосгорсуд утвердил это решение.
4 июля 2025 года, в пятницу, в Москве и Подмосковье в мусульманских центрах прошли несколько рейдов по выявлению незаконных мигрантов.
3 мая 2024 года в Москве были задержаны четверо последователей «Фалуньгун». В их жилищах были проведены обыски по делу о сотрудничестве с нежелательной организацией. Позднее стало известно, что одна из фигурантов — Наталья Миненкова. Тушинский суд Москвы арестовал ее на два месяца. 26 июня обвинение запросило для Миненковой четыре с половиной года лишения свободы.
30 мая 2025 года полицейские и ОМОН провели рейд в мусульманском молельном доме на Басовской улице в Москве. Силовики прибыли в помещение во время пятничной молитвы.
19 мая 2025 года стало известно о задержании в Москве организатора и участников центра развития личности «Свободная зона», предположительно распространявших саентологическую литературу.
24 апреля 2025 года представители православно-монархической организации «Двуглавый орел», созданной Константином Малофеевым, опубликовали петицию за запрет Украинской грекокатолической церкви как нежелательной организации.
В апреле 2025 года стало известно, что Министерство юстиции РФ вновь пытается лишить Российское библейское общество (РБО) статуса религиозной организации.
15 апреля 2025 года Савеловский районный суд Москвы оштрафовал двух иностранных граждан за «незаконное миссионерство».
31 января 2025 года Кузьминский районный суд Москвы оштрафовал Рузимухаммада Хасанжон Угли Косимова за «незаконное миссионерство» и выдворил его из страны.
9 января 2025 года было опубликовано заключение Московской государственной экспертизы на проект строительства мечети в Косино, вызвавший недовольство местных жителей. Эксперты дали отрицательное заключение.