В конце ноября стало известно, что Останкинский районный суд Москвы оштрафовал за участие в деятельности нежелательной организации семерых сотрудников тренингового центра «Аптренд».
21 ноября 2025 года Замоскворецкий районный суд Москвы отказал Российскому библейскому обществу (РБО) в признании его религиозной организацией.
22 октября 2025 года Московский городской суд отменил приговор настоятелю Московского центра Дзэн и основателю «Гражданской школы хакеров» Илье Васильеву и направил дело на новое рассмотрение, но оставил Васильева под стражей. В декабре 2025 года дело Васильева поступило в Преображенский районный суд Москвы на новое рассмотрение.
В декабре 2024 года Симоновский районный суд Москвы вынес приговорил М. Коваля, И. Нагорнову и Н. Ухову к лишению свободы за организацию деятельности признанных нежелательными организаций В. Мунтяна. В августе 2025 года Мосгорсуд утвердил это решение.
4 июля 2025 года, в пятницу, в Москве и Подмосковье в мусульманских центрах прошли несколько рейдов по выявлению незаконных мигрантов.
3 мая 2024 года в Москве были задержаны четверо последователей «Фалуньгун». В их жилищах были проведены обыски по делу о сотрудничестве с нежелательной организацией. Позднее стало известно, что одна из фигурантов — Наталья Миненкова. Тушинский суд Москвы арестовал ее на два месяца. 26 июня обвинение запросило для Миненковой четыре с половиной года лишения свободы.
30 мая 2025 года полицейские и ОМОН провели рейд в мусульманском молельном доме на Басовской улице в Москве. Силовики прибыли в помещение во время пятничной молитвы.
19 мая 2025 года стало известно о задержании в Москве организатора и участников центра развития личности «Свободная зона», предположительно распространявших саентологическую литературу.
24 апреля 2025 года представители православно-монархической организации «Двуглавый орел», созданной Константином Малофеевым, опубликовали петицию за запрет Украинской грекокатолической церкви как нежелательной организации.
В апреле 2025 года стало известно, что Министерство юстиции РФ вновь пытается лишить Российское библейское общество (РБО) статуса религиозной организации.