В начале октября 2012 года Следственный комитет РФ по поручению прокуратуры начал доследственную проверку выставки «Духовная брань», проходящей в центре современного искусства «Винзавод» в Москве. Проверка проводится «на предмет наличия преступления, предусмотренного статьей 282 УК РФ (разжигание ненависти)».
21 сентября 2012 года Совет атеистов Рунета обратился с официальными письмами в Генеральную прокуратуру РФ и Тверской районный суд. Атеисты просят прокурора отозвать иск о признании экстремистским материалом фильм «Невинность мусульман», и настаивают на том, что суд должен отказать в удовлетворении заявления прокуратуры. По мнению авторов заявления, «признание материалов экстремистскими лишь на том основании, что они содержат неустраивающие отдельных верующих идеи и оценки, может полностью лишить атеистов возможности иметь и распространять свои yбеждения».
24 марта 2012 года, почти через месяц после инцидента, патриарх Кирилл впервые прокомментировал панк-акцию в храме Христа Спасителя. По окончании литургии в московском храме в честь Положения честной Ризы Господней он назвал выступление Pussy Riot «кощунством» и «глумлением» и негативно отозвался о тех, кто призывал помиловать участниц группы. 26 марта 2012 года участницы группы «Pussy Riot» в своем блоге опубликовали ответ патриарху.