1 мая 2011 года было опубликовано открытое письмо игумена Петра (Еремеева) директору Музея Москвы Галине Ведерниковой от 18 апреля. Поводом для обращения послужил отказ руководства музея разрешить провести пасхальное богослужение в храме св. Иоанна Богослова, переданном общине. Настоятель храма считает официальную причину отказа – неготовность предоставленных музею новых помещений к размещению выставок "неправдой".
24 декабря 2010 года в министерстве культуры состоялось первое заседание комиссии по взаимодействию Русской Православной Церкви с музейным сообществом.
20 сентября 2010 года стало известно, что Российскому православному институту св. Иоанна Богослова передано здание храма Иоанна Богослова, занимаемое Музеем Москвы. Право пользования зданием было закреплено за Московской патриархией в 1992 году постановлением правительства Москвы. 19 декабря 2010 года стало известно, что православная община еженедельно проводит богослужения на улице, перед зданием храма.