20 сентября 2010 года стало известно, что Российскому православному институту св. Иоанна Богослова передано здание храма Иоанна Богослова, занимаемое Музеем Москвы. Переданный храм получит статус патриаршего подворья.

Право пользования зданием было закреплено за Московской патриархией в 1992 году постановлением правительства Москвы. В 1993 году музей обратился к властям города с просьбой об отсрочке исполнения решения до 1998 года. В 2006 году музею были переданы здания комплекса "Провиантские магазины" на Зубовском бульваре.

19 декабря 2010 года стало известно, что православная община еженедельно проводит богослужения на улице, перед зданием храма. Дирекция музея сообщила, что на организацию переезда потребуется еще три года.