По мере ухудшения эпидемической ситуации религиозные организации в разных регионах стали вновь вводить ограничения, снятые ранее.

8 октября Федерация еврейских общин России объявила об усилении мер безопасности в синагогах и обязала руководителей общин следить за соблюдением масочного режима и соблюдением дистанции. Традиционные для праздника Симхат-Торы танцы со свитками Торы решено было проводить не так, как всегда: верующие должны стоять на месте, а несущий священную книгу человек – перемещаться по залу. Московская хоральная синагога призвала верующих старше 65 лет оставаться дома.

9 октября митрополит Смоленский и Дорогобужский Исидор (Тупикин) приостановил проведение богослужений в кафедральном Успенском соборе и призвал паству соблюдать масочный режим и не прикладываться к святыням.

12 октября глава синодального Отдела внешних церковных связей митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев) также призвал паству соблюдать профилактические меры, заметив при этом, что многие посетители Троице-Сергиевой лавры, которым на входе выдаются одноразовые маски, не желают их надевать.

14 октября стало известно, что в Тюменской области закрыты для мирян следующие монастыри: Свято-Троицкий мужской, Богородице-Рождественский женский, Свято-Знаменский Абалакский мужской и Иоанно-Введенский женский. В Татарстане закрыт для мирян Раифский монастырь. Его решили закрыть на десять дней. В Липецкой области закрыт Задонский Богородице-Рождественский мужской монастырь.

14 октября стало известно, что в Энгельсе Саратовской области в связи с пандемией отменен крестный ход, традиционно проводившийся в честь праздника Покрова. 

Намеченный на 27-29 октября Освященный собор Русской православной старообрядческой церкви решено было отменить в связи с пандемией. 

14 октября митрополит Тобольский и Тюменский Димитрий (Капалин) связал отказ от ношения масок и выполнения прочих санитарных мер с грехом гордыни. «Соблюдение санитарных мер — это вопрос послушания Церкви и послушания заботящимся о нашем здоровье врачам. Помните, что непослушание — это грех противления, это своеволие, это гордыня», - сказал владыка. 

19 октября муфтий Татарстана Камиль Самигуллин призвал местных имамов сократить время пятничного намаза на 10-15 минут, чтобы избежать вспышки заболевания в мечетях.

«Тем же, кто опасается инфицирования, считаю допустимым покинуть мечеть после обязательной (фарз) молитвы и приветствия», - сказал муфтий и напомнил о необходимости ношения масок и использовании в мечетях только личных молитвенных ковриков. 

22 октября Раифский Богородицкий мужской монастырь в Татарстане открылся для паломников после десятидневного карантина. 12 октября монастырь был закрыт для посещения верующих в связи с тем, что у двух насельников было подозрение на COVID-19. По словам наместника монастыря игумена Гавриила (Рожнова), те двое вылечены и находятся на карантине, у остальных насельников тесты на коронавирус оказались отрицательными.

Духовное управление мусульман Тюменской области приостановило проведение коллективных намазов в мечетях с 24 октября по 7 ноября, однако индивидуальные молитвы в мечетях проводиться будут. Воскресные школы переведены на дистанционный режим.

25 октября стало известно, что с призывом отказа от публичных намазов и религиозных обрядов (свадеб, соболезнований) выступили муфтияты республик Северного Кавказа, в том числе Чечни.

С 16 ноября духовные школы РПЦ, расположенные в Москве, Московской области и Петербурге, полностью перешли на дистанционное обучение. Региональные семинарии рекомендовано переводить в дистанционный режим с учетом эпидемической ситуации на местах, по согласованию с Роспотребнадзором и правящим архиереем. 

Со 2 декабря по решению властей Дагестана богослужения будут проводиться без прихожан: присутствовать на богослужениях разрешено только священнослужителям и сотрудникам религиозных организаций. Частные службы – бракосочетания, отпевания, крестины – могут проводиться с участием не более десяти человек. 

25 декабря 2020 года стало известно, что в Чувашии Роспотребнадзор «рекомендовал обязательное ношение защитных масок и использование даже священнослужителями во время таинства исповеди, где будет тесный контакт с прихожанами».

12 января 2021 стало известно, что в некоторых регионах епархии поддержали решение властей об отмене крещенских купаний. Так, например, произошло в Красноярском крае и Томской области. 

13 января 2021 года стало известно, что в Калининградской области крещенских купаний тоже не будет – епархия приняла такое решение «в связи с неблагоприятной эпидемической обстановкой».

8 февраля 2021 года заместитель председателя Комитета правительства Бурятии по межнациональным отношениям и развитию гражданских инициатив Доржи Бадмацыренов призвал жителей республики ограничить посещение молебнов в преддверии Сагаалгана (буддийского Нового года). По его мнению, можно ограничиться заказам молебна дистанционно.

Его поддержал пресс-секретарь Буддийской Традиционной Сангхи России Тубдэн-лама: «Можно мысленно подумать во время молебна, что все негативное сгорает в огне, уходит в этом году, и я чистый буду переходить в следующий год. Тогда ваша мысль будет услышана божествами. Нет греха молиться на расстоянии. Личное присутствие не обязательно. Поэтому нет необходимости приходить. В связи со сложившейся ситуацией просим остаться дома молиться».

22 апреля 2021 года стало известно, что Роспотребнадзор Новосибирской области в преддверии Пасхи рекомендовал проводить богослужения в храмах площадью не более 800 квадратных метров и ограничить численность прихожан - не более 1 человека на 4 квадратных метра. Жителям региона старше 65 лет не посещать богослужения. 

26 апреля 2021 года стало известно, что "из-за эпидемиологической обстановки" митрополит Евгений (Кульберг) отменил ежегодный пасхальный крестных ход по улицам Екатеринбурга.

28 апреля Ставропольская епархия объявила об отмене пасхального крестного хода от Андреевского собора до Казанского кафедрального собора «в связи с эпидемиологической обстановкой». При этом предполагается, что самолет с благодатным огнем в аэропорту Ставрополя будут встречать «представители епархий, священнослужители, казаки, журналисты и многочисленные верующие». 

29 апреля руководитель управления Роспотребнадзора Свердловской области Дмитрий Козловских рекомендовал жителям региона встречать Пасху и Уразу-байрам дома, не посещая массовые мероприятия.

29 апреля региональный оперативный штаб Краснодарского края рекомендовал Кубанской митрополии проводить пасхальные богослужения без присутствия прихожан в храмах. «Люди смогут находиться на улице с соблюдением всех ограничений», - сказал губернатор края Вениамин Кондратьев. Трансляцию праздничной службы из кафедрального собора будет вести телеканал «Кубань 24».

29 апреля Роспотребнадзор Москвы рекомендовал религиозным организациям ограничить количество находящихся внутри храмов прихожан во время религиозных праздников.

От пасхальных крестных ходов отказались еще в нескольких регионах, в частности, в Белгороде.

11 мая ДУМ РФ объявило, что три московские мечети 13 мая не будут принимать прихожан на праздничную молитву по случаю Ид иль-Фитра - Ураза-байрама. Будет организована трансляция богослужения. 

23 июня 2021 года стало известно, что в Курганской области отменен ежегодный крестный ход из Кургана в Утятское, к месту явления иконы святителя Николая, почитаемой как  чудотворная. 

8 июля 2021 года стало известно, что в Екатеринбурге отменен ежегодный крестный ход в «Царские дни» - из города до Ганиной Ямы.  

14 июля 2021 муфтий Москвы Альбир Крганов в беседе с журналистами сказал, что проверять вакцинацию или ПЦР-тесты верующих на больших праздниках в мечетях не будут, однако есть вероятность, что будет «подобного рода пропускная система на пятничные намазы». Кроме того, духовные власти Москвы и Подмосковья решили в 2021 году проводить празднование Курбан-байрама, одного из двух крупнейших праздников мусульман, без прихожан. Так же и в Петербурге. В Татарстане верующие будут молиться на территории мечети, в здания будут пускать не более ста человек. В Крыму – не более 50 человек.