Первый заместитель главы ОВЦС МП архиепископ Калужский и Боровский Климент прокомментировал ИА "ИТАР-ТАСС" ситуацию, которая сложилась после принятия ГД 17 октября Федерального закона, дополнившего Налоговый кодекс РФ главой "Налог на имущество организаций" (см. текст законопроекта, подготовленный к третьему чтению 20 октября). По новому закону, от налогов освобождается только то имущество религиозных организаций, которое используется ими непосредственно в религиозных целях (например, храмы, часовни, иконы, церковная утварь). Между тем, действующий в настоящее время закон "О налоге на имущество предприятий" предусматривает освобождение от налогообложения всего имущества религиозных организаций.

По словам архиепископа Климента, "закон интересам Церкви не отвечает и может нанести серьезный вред ее социальным программам... ударит, в первую очередь, по социальной составляющей деятельности Церкви, приведет к существенному ограничению возможностей религиозных организаций заниматься благотворительной и просветительской деятельностью". Представитель ОВЦС МП подчеркнул, что "Русская Православная Церковь и другие традиционные для России религиозные организации не смогут нормально развиваться в условиях, когда налогами будет облагаться все их имущество, кроме объектов религиозного назначения. Налогом будет облагаться и монастырское имущество, предназначенное для ведения хозяйственной деятельности, включая подсобные хозяйства, сельскохозяйственную технику и инвентарь. При этом не принимается в расчет, что получаемая продукция от этой деятельности идет исключительно на содержание самого монастыря, многочисленных паломников, оказание помощи малоимущим слоям населения, на развитие социальных программ".

Архиепископ Климент также рассказал, что Патриарх лично обращался к Председателю ГД Г.Н. Селезневу с просьбой сохранить прежний порядок налогообложения религиозных организаций, но ответа не получил.

На вопрос корреспондента "ИТАР-ТАСС" о возможности решить проблему, обратившись к региональным властям с просьбой предоставить религиозным организациям налоговые льготы, архиепископ Климент ответил так: "Маловероятно. На местах всегда ссылаются на позицию федеральных властей. Поэтому во многих регионах религиозным организациям навряд ли удастся уговорить местную власть предоставить налоговые льготы. Чем больше в регионе проблем, тем больше соблазна обложить налогом все, что только возможно, чтобы пополнить свой бюджет. В результате дальнейшее развитие социальной и благотворительной деятельности религиозных организаций будет во многом зависеть от того или иного регионального чиновника".

27 октября Конгресса еврейских религиозных организаций и объединений России (КЕРООР) выступил с заявлением по поводу принятых Думой поправок. В заявлении, в частности, сказано, что принятый законопроект "в значительной мере сужает возможности религиозных организаций заниматься благотворительностью и социальным служением". КЕРООР обратилась с президенту и органам законодательной власти с просьбой сохранить прежний порядок налогообложения религиозных организаций.

С заявлением по поводу принятых дополнений к Налоговому кодексу выступило Центральное Духовное управление мусульман России. По мнению ЦДУМ, поправки могут нанести "большой вред деятельности всех религиозных организаций России, сделают практически невозможной их благотворительную, социальную и просветительскую деятельность".

28 октября по этому же поводу группа архиереев, наместников и настоятелей РПЦ обратилась к президенту. В обращении , в частности, сказано, что поправки в Налоговый кодекс "прямо или косвенно подрывают экономические возможности Церкви действенно служить обществу". Суть, проблемы, по мнению подписавших послание, заключается в том, что "некоторые государственные деятели не желают понять, что Церковь и иные религиозные организации являются некоммерческими и бесприбыльными".

Если принятые в первом чтении дополнения к Налоговому кодексу будут утверждены, "Церкви придется свернуть многие свои общественно значимые программы, поскольку здания и имущество богаделен, детских лагерей отдыха, приютов, яслей, домов для паломников, социальных учреждений для детей, оставшихся без попечения родителей, и тому подобного, по замыслу законодателя, должны будут облагаться налогом".
В обращении также содержится просьба сохранить ныне существующий порядок налогообложения религиозных организаций.

29 октября Совет Федерации утвердил внесение упомянутых поправок в Налоговый кодекс.

По поводу предполагаемых изменений в Налоговом кодексе высказался Патриарх Алексий II, выступая в Российской академии государственной службы при президенте РФ, где Предстоятелю РПЦ была присвоена степень почетного доктора академии.
Патриарх призвал власти устранить несправедливый, на его взгляд, порядок налогообложения, лишающий православные общины возможности содержать социальные учреждения. "Мы не просим государство помочь нам в содержании приютов и богаделен, - сказал Алексий II. - Но чтобы подобная деятельность нормально осуществлялась, просим вернуться к такой практике, когда вся деятельность церкви - и религиозная, и социальная - не облагалась налогом".

10 февраля 2004 года в ходе состоявшегося в Центральном доме журналистов круглого стола "Социальное партнерство государства и традиционных религиозных организаций России" вновь были затронуты вступившие в силу с начала года поправки к закону о налогообложении, сообщает "Религия и СМИ" со ссылкой на РИА "Новости". Секретарь по взаимоотношениям Церкви и общества Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата священник Михаил Дудко заявил, что эти поправки "душат всякую социальную инициативу Церкви". "Если этот закон не будет изменен и к религиозным организациям будут продолжать подходить как к организациям коммерческим, то Церковь не сможет оправдать ожиданий политиков в социальном служении своему народу", - считает священник.