3 марта 2017 года стало известно, что житель Петербурга Сергей Бакешин обратился в Смольнинкий суд с иском, в котором он оспаривает законность распоряжения комитета имущественных отношений, предполагающего возможность изъятия Исаакиевского собора из управления музея-заповедника без предоставления ему других помещений.

Распоряжение № 160-р было подписано 30 декабря 2016 года и предполагает «возможность изъятия собора из оперативного управления ГМЗ «Исаакиевский собор» без предоставления ему других помещений, заключение договора о передаче храма РПЦ в безвозмездное бессрочное пользование вместе с музейными коллекциями и предметами и является подготовительной частью распоряжения о передаче Исаакиевского собора в пользование церкви на 49 лет».

По мнению истца, распоряжение Комитета имущественных отношений «нарушает права граждан на приобщение к культурным ценностям» - ведь музей «Исаакиевский собор» перестает существовать, а его коллекция – по закону о неделимом музейном фонде - не может быть передана в безвозмездное пользование религиозным организациям.

6 марта стало известно, что суд объединил иски С. Бакешина и депутатов Законодательного собрания Петербурга и будет рассматривать их вместе.

15 марта 2017 года в суд подан третий иск, оспаривающий законность передачи Исаакиевского собора епархии. Истцами выступили 30 человек, в том числе Динар Идрисов, ответчиком назван Комитет имущественных отношений Петербурга. Поводом для подачи очередного иска стали, вероятно, недвусмысленные высказывания судьи Смольнинского районного суда о возможном закрытии дела.  

16 марта 2017 года суд, действительно, закрыл дело, сославшись на решение Василеостровского районного суда об отклонении иска о незаконности распоряжения Комитета имущественных отношений.