Русская православная церковь заявила свои претензии на новые объекты Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей. Музейщики считают, что передача этих объектов угрожает их сохранности и может привести к уничтожению музея. Конфликтная ситуация будет рассматриваться представителями церкви и музейного сообщества в сентябре.

В конце августа 2018 года стало известно, что еще в июне, накануне визита в Вологодскую область патриарха Кирилла, настоятель прихода храма Нила Сорского села Ферапонтово иеромонах Иоасаф (Вишняков) обратился в Росимущество с просьбой передать приходу в безвозмездное пользование надвратные церкви Ферапонтова монастыря. 28 июня митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий (Депутатов) подал заявку на передачу церкви храма прп. Мартина и Казенной палаты Ферапонтова монастыря и братских келий Кирилло-Белозерского монастыря, часть объектов которого были переданы церкви ранее. Наместник Кирилло-Белозерского монастыря игумен Анастасий (Додарчук) направил директору Кирилло-Белозерского музея-заповедника письмо о том, что монастырь готов принять в пользование крепостные стены бывшего Иоанновского монастыря, расположенные на занятой общиной территории.

Митрополит Игнатий полагает, что передача монастырю музейных объектов «не скажется на доступе в эти два крупнейших туристических объекта Вологодской области». «Я за то, чтобы туристы и паломники посещали действующие монастыри, чтобы экскурсоводы музея рассказывали об их жизнедеятельности и совершаемых богослужениях», - сказал он.

В июле директор музея-заповедника сообщил Министерству культуры, что «считает невозможной» передачу РПЦ объектов культурного наследия, поскольку это «приведет не только к ухудшению их состояния, но и уничтожению музея». Он напомнил, что сохранившиеся в монастыре фрески Дионисия требуют особого температурно-влажностного режима, что исключает увеличение числа богослужений в церкви Мартиниана. В Казенной палате, на которую претендует РПЦ, хранятся 12,95 тыс. экспонатов фонда Музея фресок и находится его единственное выставочное помещение. Само же здание не приспособлено под проживание, и потребует реконструкции, что запрещено законом.

Братские кельи также заняты: здесь расположены реставрационные мастерские, фондохранилище и ключевые службы музея. Музей считает возможным передать епархии другой комплекс при условии расселения находящихся там муниципальных квартир.

17 августа Министерство культуры сообщило музею, что о планах по передаче объектов Ферапонтова монастыря необходимо «заблаговременно уведомить ЮНЕСКО», поскольку эта организация еще в 2013 году рекомендовала создать совместный с РПЦ орган по управлению религиозными объектами всемирного наследия. 

Вопрос о прекращении прав музея на объекты, на которые претендует церковь, будет рассмотрен в сентябре комиссией по взаимодействию РПЦ с музейным сообществом. Глава этой комиссии Михаил Пиотровский уже заявил министру культуры, что «подобные проблемы продолжают постоянно возникать и угрожать самому существованию ряда музеев», а федеральный закон «О передаче религиозным организациям имущества религиозного назначения» требует «существенных доработок в плане гарантии сохранения культурных ценностей и музеев».