Статья Сергея Мозгового, сопредседателя Совета Института Свободы Совести, посвящена проблеме отношений между РПЦ и Вооруженными силами России. По мнению автора, на протяжении 1990-х гг. происходила клерикализация командных структур российской армии. Это было связано, во-первых, с попытками командования использовать православие в качестве новой идеологической базы для воспитания личного состава, а во-вторых, со стремлением РПЦ использовать свои связи с военными в качестве "административного ресурса" при борьбе с влиянием других религиозных организаций. В данном случае, считает С. Мозговой, ситуация в Вооруженных силах является логическим следствием курса, избранного политическим руководством страны: "...Вооруженные силы РФ, являясь институтом государства, естественным образом следуют в русле официальной политики Кремля, делая ставку на РПЦ МП как традиционный идеологический институт Российской империи, атрибутику которой частично восстановила Российская Федерация (герб и флаг)".
Клерикализация армии привела к тому, "что религиозная ксенофобия в военной среде стала явлением заурядным. <...> В армейской среде началось методичное формирование общественного мнения 'православный — значит свой, патриот, инославный — значит чужой, агент влияния'".
С. Мозговой предупреждает, что эта клерикализация, нарушающая законодательно закрепленный принцип свободы совести, "создает реальную угрозу для узурпации власти правящей политической и экономической элитой и создания диктаторского военного режима с опорой на правое крыло церковной организации, придерживающееся монархических взглядов".