16 января 2006 г. прокурор Москвы Анатолий Зуев доложил Генеральному прокурору России о предъявлении обвинения Александру Копцеву, совершившему нападение в здании синагоги 11 января 2006 г. во время вечерней молитвы.

Обвинение предъявлено в присутствии адвоката по следующим статьям: ч.3 ст.30, пп. "а", "л" ч.2 ст.105 УК РФ ("покушение на убийство двух и более лиц по мотиву национальной и религиозной ненависти"), п."а" ч.2 ст.282 УК РФ ("действия, направленные на унижение достоинства группы лиц по признакам национальности и отношения к религии"), п."б" ч.3 ст.111 УК РФ ("причинение тяжкого вреда здоровью по мотивам религиозной вражды").

На допросе в качестве обвиняемого в присутствии адвоката А.Копцев заявил "о нетерпимости к лицам еврейской национальности и о том, что совершил преступление из зависти к ним, поскольку они живут лучше; ... решение принял под влиянием соответствующих книг и сайтов в Интернете; ... решение принял 11 января о нападении на евреев в синагоге, пошел его исполнять, ничего поделать с собой не мог и себя не контролировал...". Обвиняемый на допросе также заявил, что сожалеет о людях, которым причинил повреждения и не желает их смерти. Он сказал следователю: "одним из основных факторов происшедшего было моё желание умереть".

13 января 2006 г. замоскворецкий суд Москвы санкционировал арест А.Копцева. Таким образом, суд удовлетворил ходатайство прокуратуры Москвы об избрании обвиняемому меры пресечения в виде содержания под стражей.

13 января 2006 г. А.Копцев отказался от своих показаний, которые он дал сразу после задержания 11 января 2006 г. Он заявил, что в момент дачи показаний находился в шоковом состоянии.