В 2011 году был возбужден ряд дел против петербургского общественного активиста и сотрудника АДЦ "Мемориал" Филиппа Костенко. Некоторые из действий, в которых обвиняется Костенко, в самом деле являются правонарушениями, однако их нельзя отнести к разряду опасных для общества, не относятся они и к сфере преступлений экстремистской направленности. Между тем, можно говорить о том, что на протяжении 2011 года на Костенко в связи с его общественной деятельностью неоднократно оказывалось незаконное давление со стороны городского центра "Э".

Так, сотрудники центра по противодействию экстремизму взяли на себя расследование дела об акции "Пес системы и его будка" (март 2011 года), возбужденного против Костенко по статье 319 УК РФ (оскорбление представителя власти), несмотря на то, что данная статья не относится к списку преступлений экстремистской направленности. В рамках расследования сотрудники центра осуществили насильственный привод Костенко в центр для дачи показаний, а также провели обыск с изъятием личных вещей у него в квартире. По словам Костенко, стремясь получить у него информацию по делу, сотрудники центра неоднократно прибегали к угрозам. Суд по этому делу назначен на 19 января.

6 декабря 2011 года Костенко был осужден на 15 суток административного ареста по ст. 19.3 КоАП РФ (неповиновение распоряжению сотрудника полиции) после того, как был задержан перед одной из акций против фальсификаций на прошедших выборах. Хотя и эта статья не имеет отношения к закону «О противодействии экстремистской деятельности», полицейские из центра "Э" присутствовали в суде и вручили судье 203-го участка, рассматривавшему дело, некую справку, содержавшую сведения об участии Костенко в протестных акциях. Руководствуясь этой бумагой, суд и назначил Костенко самое суровое из возможных по статье наказаний. Осужденный подал кассационную жалобу на это решение, и судья Центрального района Санкт-Петербурга исключил из него справку центра "Э" как недопустимое доказательство.

По прошествии 15 суток, в течение которых Костенко держал голодовку в знак протеста против незаконного ареста, он так и не был выпущен на свободу. У выхода из спецприемника его встретили сотрудники центра "Э" и препроводили в 43-ий отдел полиции. На следующий день против Костенко состоялся суд по административному делу по ст. 20.1 КоАП РФ (мелкое хулиганство): ему инкриминировали, что он якобы ругался матом в общественном месте, хотя по этому обвинению его задерживали еще 16 октября 2011 года, когда он принес передачу в отдел полиции участникам акции на крейсере "Аврора". И вновь на суде присутствовал сотрудник центра "Э", в сферу интересов которого, казалось бы, не входят подобные правонарушения, и вновь Костенко получил максимум - новые 15 суток.

Между тем, в конце декабря 2011 года внезапно активизировалось расследование возбужденного против Костенко еще осенью уголовного дела по ч. 2 ст. 214 УК РФ (вандализм, совершенный группой лиц либо по мотиву ненависти). Его подозревают в попытке уничтожения предвыборного плаката "Общероссийского народного фронта". Дело курирует все тот же городской центр "Э". Точная квалификация дела пока не известна, то есть неизвестно, вменяется ли вообще Костенко в вину мотив ненависти.

4 января 2012 года, в день освобождения Костенко из-под административного ареста, Василеостровский районный суд отказал следствию по данному делу в избрании для Костенко меры пресечения в виде ареста. Суд принял во внимание аргументы защиты, указывавшей, что плакат не является культурным наследием и не представляет высокой ценности для владельцев, а также поручительства за Костенко со стороны депутата городского парламента Санкт-Петербурга и депутата Госдумы.

Рассмотрение вопроса о мере пресечения именно в момент завершения второго срока административного ареста явно указывает на то, что обвинение Костенко в вандализме использовалось для того, чтобы попытаться снова лишить активиста свободы и тем самым пресечь его протестную деятельность.

Центр "СОВА" обращает внимание и на то, что в данном случае центр "Э" берет на себя обязанности, весьма далекие от борьбы с экстремистской деятельностью, в частности расследование дел о мелких административных правонарушениях.