6 октября 2011 года стало известно о том, что Духовное управление мусульман Европейской части России (ДУМЕР) подало в Арбитражный суд Москвы иск о признании незаконным решения Минюста РФ о регистрации Духовного управления мусульман Москвы, входящего в состав Центрального духовного управления мусульман России (ЦДУМ).

В иске указывается, в частности, что «организация-ответчик умышленно присвоила существенную часть наименования истца (Московский муфтият – прим. ред.), из чего возникает угроза нарушения прав, свобод или законных интересов истца».

Указанный размер компенсации морального вреда - 1 024 500 рублей.