В середине декабря 2013 года стало известно, что в Санкт-Петербурге рассматривается дело о ликвидации Центра православного просвещения. Иск о ликвидации организации городская прокуратура подала еще 16 сентября 2013 года. Прокуратура считает, что Центр занимается незаконной религиозной деятельностью, тогда как в уставе заявлена только просветительская. Как нарушение устава прокуратура расценила тот факт, что в принадлежащих Центру помещениях располагаются приходы Российской православной автономной церкви (РПАЦ).