21 марта 2016 года стало известно, что Управление государственной охраны объектов культурного наследия Краснодарского края направило в Октябрьский районный суд Новороссийска исковое заявление к Новороссийской епархии.

Предмет спора – строительство собора возле Суджукской лагуны, которое ведется без разрешительной документации.

Рассмотрение дела назначено на 30 марта. Cтроительные работы приостановлены.

15 февраля 2016 года в отношении местной епархии был составлен протокол об административном правонарушении «в связи с допущенными нарушениями законодательства об объектах культурного наследия».  

По информации Департамента архитектуры и градостроительства Краснодарского края, новый собор возводится на границе памятника природы «Суджукская лагуна», а также в охранных зонах мемориального комплекса «Малая Земля» и археологического памятника «Турецкая крепость Суджук-Кале». Представители департамента уточняют, что епархия получила разрешение только на строительство одноэтажной часовни на этом месте, а не на строительство храма. Двухэтажный духовно-просветительский центр должен быть построен на другой территории, где строительные работы пока не ведутся.