6 марта 2012 года в Прокопиевском соборе Великого Устюга, который находится в совместном пользовании Церкви и музея-заповедника, был совершен акт вандализма. Ворвавшийся в храм мужчина с топором повредил около сорока икон, включая иконы нижнего яруса иконостаса и боковые алтарные двери. Девять из поврежденных икон (XVII-XIX вв.) входят в состав музейной коллекции. 

Сотрудниками полиции был задержан житель Великого Устюга, 1975 года рождения, ранее наблюдавшийся у психиатра. Задержанный был помещен в больницу. В отношении него возбуждено уголовное дело по п. «а» ч.1. ст. 213 УК РФ (хулиганство, то есть грубое нарушение общественного порядка, совершенное с применением оружия).

По словам директора музея, «cтепень повреждения икон разная, но отреставрировать можно все поврежденные памятники».