14 декабря 2010 года стало известно, что Государственная инспекция строительного надзора Самарской области проверила документацию Троицкого храма на Воронежских озерах и обнаружила, что разрешение на строительство здания не было получено.

Инициатором проверки были местные жители, которые в течение нескольких лет стремятся сохранить Воронежские озера как экологическую зону. Именно они обратились в прокуратуру Промышленного района Самары.

В ответе прокуратуры отмечается, что в 2005 году приходу в Святой Троицы мэрия Самары предоставила участок площадью 8679 кв. метров на десять лет в безвозмездное пользование.

Однако Государственная инспекция строительного надзора Самарской области выяснила, что проектно-сметная документация на строительство храма находится в стадии разработки, а разрешение на проведение работ не выдавалось.

Стройнадзор выдал приходу предписание об устранении нарушения градостроительного законодательства.

Рассматривается вопрос о возбуждении в отношении настоятеля прихода священника Николая Горнова дела об административном правонарушении, предусмотренном ч. 1 ст. 9.5 КоАП РФ «Строительство без разрешения зданий и сооружений производственного и непроизводственного назначения, в том числе жилых зданий, а также объектов индивидуального строительства».