По мнению атамана, действия руководства этого музея «направлены на возбуждение вражды, а также на унижение достоинства человека по признакам национальности, происхождения и отношения к религии» и оскорбляют чувства верующих.

Наибольший протест вызвала у него популяризация концепции Глеба Носовского и Анатолия Фоменко и ее отражение в экспозиции музея (в частности, «утверждение авторами экспозиции, что Господь Иисус Христос и византийский император Андроник I Комнин, умерший в 1185 году, - одно и то же лицо»).