20 января Таганская прокуратура Москвы приняла к рассмотрению заявление
О.А.Лочагиной, в котором та требует привлечь организаторов выставки и предоставивший им помещение Сахаровский центр к уголовной ответственности по ст. 282 УК РФ ("Возбуждение национальной, расовой и религиозной вражды").
22 января на сайте Комитета "За нравственное возрождение Отечества" был опубликован призыв к гражданам обращаться в
прокуратуру с требованиями во-первых, возбедить уголовное дело против организаторов выставки "Осторожно, религия!" и во-вторых, прекратить уголовное преследование хулиганов, разгромивших ее 18 января. Там же был помещен образец заявления в прокуратуру.
26 января на том же сайте была опубликована листовка, которая, по сообщению сайта, расклеивалась в районе проведения выставки. Текст содержал призывы привлечь к суду организаторов выставки, которые были названы фашистами. 28 января расклейщики листовок были задержаны милицией.
28 января в среди целой серии заявлений в Генеральную прокуратуру (в том числе по учебнику ОПК и по заявлению Ирины Хакамады) настоятель Крестовоздвиженского храма г. Тутаева Ярославской епархии иеромонах Антоний (Таньков) подал и заявление с требованием возбуждения уголовного дела против организаторов выставки "Осторожно, религия!". В заявлении, в котором требовалось заключить организаторов выставки под стражу на время ведения следствия, в частности, говорилось: "Если бы кто-то организовал подобного рода выставку экспонатов, глумящихся над религиозными чувствами верующих иудаистов, те же С.А.Ковалев и Л.А.Пономарев самыми первыми устроили бы истерику на весь мир, заявив о "чудовищной ксенофобии и зоологическом антисемитизме", а глумиться над религиозными чувствами православных верующих, по мнению организаторов богохульной выставки и ее защитников С.А.Ковалева и Л.А.Пономарева, можно и нужно, так как это якобы оправдано "свободой мысли". В действительности, нужно говорить о ненависти С.А.Ковалева и Л.А.Пономарева к христианству. А разговоры про права человека - это просто ширма, прикрытие".

12 февраля по инициативе Александра Чуева Государственная Дума России 256-ю голосами "за" (при необходимом минимуме в 226) обратилась в Генеральную прокуратуру с просьбой привлечь к уголовной ответственности организаторов выставки "Осторожно: религия!" за разжигание религиозной вражды. Депутаты высказали мнение о необходимости принять меры "в рамках осуществления прокурорского надзора" по отношению к организаторам выставки.
В середине февраля Комитет "За нравственное возрождение Отечества" опубликовал информацию, что в что в прокуратуру Таганского района подано более 3 тысяч заявлений с требованием привлечь к уголовной ответственности организаторов выставки и освободить от нее участников погрома.

В комментарии по поводу событий, развивающихся вокруг выставки, "Портал-кредо" отметил, что суду в этом конфликте, по всей видимости, ближе позиция священноначалия, нежели правозащитных организаций, в связи с чем предлагает руководству Московской Патриархии "подписывать договора о взаимодействии не только с органами законодательной и исполнительной власти, но и с властью судебной", чтобы судьи имели возможность в процессе работы "опираться на духовно-нравственные ценности Православия".

28 февраля Таганская межрайонная прокуратура возбудила против организаторов выставки "Осторожно, религия!" уголовное дело по статье 282 УК РФ: "возбуждение национальной, расовой и религиозной вражды".

В рамках следствия по этому делу 14 и 15 апреля начались допросы организаторов выставки.