С 2005 по 2009 гг. в Республике Алтай выявлено шесть преступлений экстремистской направленности. Об этом сообщила пресс-служба республиканского правительства 19 марта 2009 г.

В настоящее время "оперативно-служебные задачи, связанные с выявлением, предупреждением, пресечением и раскрытием преступлений экстремистской направленности" выполняются сотрудниками Центра по противодействию экстремизму при МВД Республики Алтай. Пресс служба также отмечает, что население Горного Алтая многонационально и исповедует различные религиозные взгляды, поэтому деятельность подразделения здесь особенно актуальна.

Среди известных в республики "антиэкстремистских дел" названо дело по ч.1 ст.282 УК РФ (возбуждение национальной ненависти, совершенное с использованием СМИ) по факту появления статьи "Религиозная экспансия или духовный экстремизм?" в газете "Чуйские зори" от 24 мая 2007 г., подписанной автором под псевдонимом В. Калягин. Предположительно в конце 2007 - начале 2008 гг. Кош-Агачский районный суд Республики Алтай удовлетворил заявление прокурора республики, признав статью экстремистским материалом. Кроме того, назван приговор, вынесенный Онгудайским районным судом республики по делу по ст.282 УК РФ в отношении двух участников незарегистрированного религиозного объединения "Каракольская инициативная группа" Олега Ыжикова и Лазаря Аилдашева.