13 декабря 2005 г. стало известно, что рассмотрение законопроекта, касающегося работы неправительственных организаций, перенесено с 16 декабря на 21 декабря 2005 г. По словам спикера Государственной Думы РФ Бориса Грызлова, перенос второго чтения законопроекта обусловлен многочисленностью поступивших поправок, в том числе заключения президента Владимира Путина.

Между тем 12 декабря 2005 г. эксперт Института прав человека Лев Левинсон опубликовал комментарии на заключение президента по поводу законопроекта. "Предлагаемые главой государства улучшения малозначительны и сполна поглощаются новоизобретенными полицейскими ухищрениями", - полагает эксперт.

В проекте остается его концептуальная основа - разрешительная регистрация некоммерческих организаций взамен заявительной плюс бюрократическое вмешательство ("контроль") за соответствием деятельности НКО уставным целям. Зона свободы, защищенная до сих пор законом "О некоммерческих организациях", ликвидируется. Конечно, остаются филиалы и представительства иностранных НПО, но определение порядка ("формы") контроля за деятельностью иностранных и международных НПО предлагается передать Правительству, то есть вообще "вывести сюжет "прозрачности" иностранных НПО за рамки федерального закона".

Контроль за расходованием НПО собственных средств, заявленный в тексте первого чтения, таким образом, не только сохраняется, но и усиливается. Не снимается и запрет деятельности иностранных НПО в закрытых административно-территориальных образованиях, продолжает Л. Левинсон.

Единственный плюс президентского заключения, считает автор комментария, то, что власть отказывается от замысла заставить общественные объединения, не являющиеся юридическими лицами, сообщать государству о своем существовании. Но взамен этого "юридические лица (общественные объединения и другие некоммерческие организации) и физические лица, получающие финансовые средства на безвозмездной основе от международных и иностранных организаций, а также от иностранных граждан, должны уведомлять об этом уполномоченный орган в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации". То есть физические лица будут обязаны уведомлять уполномоченный орган о том, что в своей деятельности они используют финансовые средства международных и иностранных организаций.

Л. Левинсон указывает, что законопроект относится лишь к организациям, и задается риторическим вопросом: "В какой орган - не в Росрегистрацию же! - должны будут они (т.е. мы с вами) о себе доносить - прямо в ФСБ? Или через управдома?"