1 февраля 2013 года стало известно, что еще в ноябре 2012 года Вахитовская районная прокуратура Казани обратилась в суд с требованием прекратить деятельность медресе им. 1000-летия принятия ислама. Основанием является отсутствие лицензии на образовательную деятельность – ее срок истек еще в 2010 году.

Рассмотрение иска по ходатайству медресе отложено и назначено на март 2013 года. До этого момента руководство медресе надеется устранить нарушение.