29 апреля 2011 года Торжокский городской суд принял решение о прекращении деятельности православного прихода и об исключении его из Единого государственного реестра юридических лиц.

Основанием для ликвидации прихода как юридического лица послужили систематические нарушения действующего законодательства:

- с момента своей государственной регистрации в 1999 году приход не представлял в Управление министерства юстиции Тверской области информации о продолжении своей деятельности;

- в период с 2006 по 2009 годы приход не представлял финансовых отчетов;

- приход не уведомил Управление Минюста о переизбрании председателя приходского совета, срок полномочий которого истек.

Решение суда не было обжаловано и вступило в законную силу.

6 мая 2011 года было опубликовано интервью местного священника Георгия Воробьева, в котором он  пояснил, что речь идет о ликвидации не Покровского, как указано в сообщении суда, а Богоявленского прихода села Яконово.

Инициатором закрытия был сам священник, а причиной его просьбы закрыть храм послужила крайняя бедность прихода и полное отсутствие прихожан.

13 мая 2011 года «Интерфакс» опубликовал мнение Кирилла Фролова, главы Ассоциации православных экспертов, который настаивает на том, что «закрытие прихода - это прямое нарушение определения Архиерейского Собора 2011 года, согласно которому православные приходы должны быть открыты, а не закрыты в каждом населенном пункте на канонической территории Московского патриархата».