25 декабря 2008 года по инициативе Министерства юстиции была проведена проверка Совета муфтиев России. 19 февраля стало известно о том, что Минюст вынес Совету первое предупреждение, поскольку в ходе проверки были обнаружены нарушения законодательства РФ.

Согласно данным Минюста, Совет муфтиев "использует эмблему, не зарегистрированную в установленном порядке, а также на возмездной основе предоставляет право на ее использование другим организациям".

В ходе проверки в министерство юстиции были также "представлены недостоверные сведения об отсутствии издательской деятельности" Совета муфтиев, опровергаемые, в частности, материалами проверки.

Минюст обязал Совет муфтиев "устранить нарушения действующего законодательства", а документы, подтверждающие устранение указанных нарушений, представить в министерство до 15 мая 2009 года. В противном случае после второго предупреждения будет подан иск о ликвидации организации.

Первый зампред Духовного управления мусульман европейской части России Дамир Гизатуллин сообщил, что поправки в устав будут внесены на меджлисе (съезде) Совета муфтиев, который откроется 2 марта в здании Соборной мечети Москвы.

"Мы полностью согласны с замечаниями Минюста. Мы знаем, что нарушения необходимо устранять, и будем вносить изменения в устав Совета муфтиев, чтобы привести его в соответствие законодательству", - заявил он.

В марте Меджлис постановил внести в устав СМР необходимые изменения.