31 мая 2013 года стало известно о том, что храм Иоанна Милостивого в Новгороде пострадал от вандалов. Неизвестные проломили заложенные кирпичом проемы и расписали храм «непристойностями антицерковной направленности».
В настоящее время церковное здание находится в федеральной собственности.
О возбуждении уголовного дела не сообщалось.
