9 января 2013 года прокуратура Самарской области сообщила о проведенной в 2012 году проверке исполнения религиозными организациями и  духовными образовательными учреждениями законодательства о свободе совести, противодействии экстремизму, правовом положении иностранных граждан, порядке въезда, выезда и временного пребывания иностранных граждан в Российской Федерации. В ходе проверки был выявлен ряд нарушений.

В частности, у проверяющих возникли претензии к некоторым документам православной классической гимназии Тольятти. По мнению прокуратуры, Положение о конкурсном приеме и Обязательные правила для учащихся не соответствуют законодательству и уставу гимназии. Положение о конкурсном приеме предусматривает предъявление вместе с другими документами рекомендацию от духовника. В Обязательных правилах содержится положение о возможности дисциплинарных взысканий для учащихся, что не предусмотрено законодательством.

Прокурор Автозаводского района Тольятти опротестовал эти правовые акты и внес директору гимназии представление об устранении выявленных нарушений. Нарушения были устранены уже в ноябре 2012 года.

Прокуратура Кировского района Самары выявила, что Церковно-приходская школа «Истоки» не имеет лицензии на образовательную деятельность. В отношении руководства школы было возбуждено дело об административном правонарушении по ч. 1 ст. 19.20 КоАП РФ (осуществление деятельности, не связанной с извлечением прибыли, без специального разрешения (лицензии). Деятельность учреждения была приостановлена на 60 дней.

Одновременно прокуратура обратилась в Кировский районный суд с заявлением о приостановлении деятельности школы до получения лицензии на образовательную деятельность. Суд удовлетворил заявление прокуратуры.