18 января 2013 года стало известно, что Ярославская епархия требует передать в пользование Церкви пять храмов Ярославского музея-заповедника. Речь идет о храмах Богоявления, Ильи Пророка, Иоанна Предтечи, Рождества Христова и Николы Надеина. Все они уже используются епархией совместно с музеем: в церквях проводятся богослужения, график которых стороны согласовывают.

«Эти памятники составляют цвет Ярославля, области, России и даже мира, потому что они являются привлекательными не только для туристов (это внешняя сторона), они очень ценны для нас с точки зрения историко-культурного наследия. Наша задача все эти долгие годы, а так же наших предшественников, была в том, чтобы их сохранять», - сказала заместитель директора по внешним коммуникациям Ярославского музея-заповедника Ольга Троицкая.

По словам пресс-секретаря Ярославской епархии иерея Александра Сатомского, после передачи храмов в пользование епархии «своего музейного интереса они не потеряют, однако они непосредственно станут тем, чем задумывались нашими предками. То есть храмами, где возносятся хвала Богу». Он пояснил, что за областным департаментом культуры в случае передачи сохраняются надзорные функции.