Во втором номере журнала "Скепсис" за 2003 г. была опубликована статья главного редактора издания Сергея Соловьева "Ипатьевская летопись, или история о том, как музей подвели под монастырь". В длящемся уже не один год конфликте Костромской епархии с занимающим в настоящее время здание монастыря музеем автор встал на сторону музея. По его мнению, "приобретение церковью памятников культуры в серьезных масштабах" представляет серьезную опасность: ..." гибнут фрески и иконы Рублева в Успенском соборе под Звенигородом и в Троице-Сергиевой лавре от постоянных богослужений, зачастую священники идут на перестройку древних церквей, не обращая внимания на их художественную ценность. Комитет по охране памятников оказывается бессилен, так как политика церкви получает поддержку в высших инстанциях". Переданные Церкви памятники становятся практически недоступными для туристов. "Вывод из всего этого, - заключает С. Соловьев, - может быть только один: памятник культуры не может быть передан церкви в распоряжение по одной единственной причине - РПЦ просто не умеет, да и, как показывает практика, не собирается хранить культурное наследие".

Кроме того, автор упомянутой статьи полагает, что Костромская епархия преследует и идеологические цели, активно выступая за ликвидацию музейной экспозиции, посвященной истории революции, гражданской и Великой Отечественной войн: "... в случае, если Ипатий полностью окажется в церковных руках, то посетители будут узнавать не о революции, а о "заговоре безбожников", не о Кровавом воскресенье и Ходынке, а о "святом царе Николае, убитом за свою веру", не о подвигах коммунистов во время войны, а о "православном духе русского народа, позволившем победить фашизм". И уж тем более ни слова не будет сказано о родстве российского православия с язычеством, о монастырских вотчинах с крепостными, об уничтожении монахами обители в XVIII в. усыпальницы Годуновых, а также о многих других исторических сюжетах, которые оказались лишними в наступившие времена".

В полемику с С. Соловьевым от имени монашеской общины вступил иеромонах Ферапонт (Кашин), ответная статья которого была опубликована на сайте "Научный атеизм" 28 января.

Прежде всего он опровергает утверждения своего оппонента о том, что Церковь стремится уничтожить музейную экспозицию советского периода и "исказить историю". Отмечая, что "в храме... не место любой выставке" (хотя, с другой стороны, " у Ипатьевского монастыря своя прекрасная история", которая может "найти свое отражение в экспозициях монастыря, если уж говорить о нем как о музее"), иеромонах Ферапонт предлагает перенести экспозицию в здание, которое получил местный музей природы после переезда из помещений бывшей монастырской богадельни, возвращенной епархии.

Он также не согласен с "утверждением С.Соловьева, что передача Церкви памятников пагубно сказывается на их состоянии". По его словам, "за последние 15 лет Церковь организовала восстановление тысяч храмов и сотен монастырей, при этом помощь государства не имела в этом процессе решающего значения. Имеются, конечно, негативные моменты неразумной перестройки или неправильной эксплуатации некоторых памятников, но эти случаи гораздо менее значимы, чем сам процесс возрождения тысяч храмов-памятников".

"Естественно, - продолжает иеромонах Ферапонт, - что человек неверующий видит в храме памятник, и единственное желание, которое у него возникает - сохранить его как таковой для потомков. Это и есть музейный подход к вопросу. Но ведь Церковь нельзя сдать в музей - церковная жизнь продолжается. Храмы строились (и строятся), чтобы в них молиться, монастыри - чтобы в них жили монахи. Иконы писались и пишутся, чтобы перед ними совершать молитву, носить на крестные ходы, а не для того, чтобы рассматривать их в музее... <...>
Неверующий человек, сознательно или подсознательно признающий свой образ мыслей безусловно правильным на основании, скажем, тезиса "наука доказала, что Бога нет", или еще какой-нибудь, с религиозной точки зрения, глупости, готов, может быть, терпеть верующих и Церковь, пока они не мешают ему жить. Для такого человека икона - это произведение искусства, и она должна находиться в музее. Религиозный тезис о том, что икона сохраняется, в первую очередь, когда перед ней молятся, а затем уже трудом реставраторов, кажется неверующему мракобесием. Но ведь это вопрос религиозности или нерелигиозности сознания. Неверно считать свою позицию объективной на основании своего убежденного неверия. Образ мыслей верующего человека имеет такое же право на существование (не затрагивая вопроса о правоте верующих или неверующих, а с точки зрения свободы совести), как и атеиста. Так вот, с нашей точки зрения, храм создан, чтобы в нем молиться (собственно, именно для этого он и создан), а не для туристов. Создан как дом молитвы, а не как памятник архитектуры, истории, культуры или еще чего-нибудь. Кстати, очень большой вопрос, от чего больше вреда сохранности храмов-памятников - от богослужений или от туристов, против которых, по понятным причинам, музейные работники не возражают".

Свой комментарий к статье иеромонаха Ферапонта опубликовала редакция сайта "Научный атеизм", сотрудничающего с журналом "Скеспсис" (кстати, как сообщил в письме СОВА-Центру Сергей Соловьев, редакция "Скепсиса" в настоящее время также "готовит подробный ответ" своему оппоненту). В этом комментарии, в частности, говорится: "Мы вряд ли можем согласиться с тем, что люди, считающие уничтожение культурных памятников менее значимым явлением, чем восстановление богослужебной деятельности, заинтересованы в сохранении культурного наследия. Таким образом, наблюдается подмена мотива "не ломаем без надобности", на "сохраняем". <...>
... Во всех подобных случаях, РПЦ апеллирует к собственной "народности". Истинное же отношение православных иерархов к мнению народа проявляется в тех случаях когда в их поле зрения попадают, например, городские парки. Мнение местных жителей, выступающих за сохранение зон отдыха, мало кого интересует.
Христианство учит, что для спасения необходима вера и молитвы, а про культурное наследие и отдых в городских парках в Библии не написано".