27 октября в рамках Всероссийской конференции гражданских организаций работала секция "Правозащитное движение и гражданское общество". Представители неправительственных организаций обсудили ряд проблем, в том числе взаимодействие НПО с государственными органами, бизнесом и политическими структурами.

Выступавший на секции руководитель Комитета защиты свободы совести Глеб Якунин коснулся проблемы клерикализации государства: по его мнению, Русская Православная Церковь фактически приобрела статус государственной и стала использовать власть в своих интересах. В итоге глава Католической Церкви, членами которой являются 500 000 человек, а также Далай-лама не могут приехать в Россию, а региональные чиновники, принимая решения по какому-либо вопросу, советуются с представителями Православной Церкви. Это, по словам Г.Якунина, есть реанимация модели папо-цезаризма или цезаре-папизма, неприемлемая в демократическом государстве.

Сопредседатель Института свободы совести Сергей Бурьянов поднял проблему свободы совести в России. По его мнению, свобода совести подменяется свободой вероисповедания. Этот тезис был отмечен и в представленном им проекте резолюции: "Свобода совести фактически является заложницей самодовлеющих государственно-конфессиональных отношений, которые поражены коррупцией и представляют угрозу демократическим механизмам осуществления власти, стимулирует расслоение по мировоззренческим признакам, сепаратизм, вооруженные конфликты, распад федеративной системы России. ... В результате, нарушениям подвергаются не только права верующих и религиозных меньшинств, но подавляется свобода мировоззренческого выбора как таковая, размываются демократические принципы, составляющие основу конституционного строя, а идеалы гражданского общества терпят сокрушительное поражение в России. ...Отношения государства с религиозными объединениями должны быть поставлены под гражданский контроль".

На секции также был представлен проект обращения Л.А. Пономарева, Ю.В. Самодурова, Г.П. Якунина: "Клерикализация - угроза государству и гражданскому миру", в котором отмечалось, что государство встало на "очень опасный путь насаждения национально-религиозной идеологии на основе официального православия", что сопровождается "дискриминацией религиозных организаций, не вошедших в число привилегированных, и откровенным третированием свободомыслящих и атеистов. Прокуратура же, говорится в проекте обращения, "закрывает глаза на проявления религиозно мотивированной радикальной ксенофобии, даже на откровенно погромные вылазки".

Наибольшие споры вызвал фрагмент обращения, касающийся разгрома выставки "Осторожно, религия!", выдержанный в очень резком тоне. Большинством голосов данный фрагмент было решено не включать в окончательную резолюцию, составленную из двух упомянутых проектов, поскольку он "работает на разделение".