11 января 2012 года стало известно, что в конце декабря 2011 года администрация Перми приняла решение передать здание пермского роддома «Аистенок» Пермской епархии, которая намерена открыть в этом здании «Клинику женского здоровья». Здание выкупило на аукционе ООО «Пермская верфь», среди учредителей которого значатся два представителя епархии. Компания заключила арендный договор, но не стала подписывать акт приемки-передачи имущества, т.к. «переоценила собственные силы и возможности». В результате договор аренды был расторгнут, а здание передано Пермской епархии безвозмездно.
В сентябре 2010 года на сайте Пермской епархии был помещен комментарий к сообщению об арт-проекте музея современного искусства PERMM, возглавляемого Маратом Гельманом. Aрт-группа ZUK Сlub расписывает здание бывшего военного командно-инженерного училища, часть которого занимает храм Иоанна Богослова. На стене здания изображены фигуры античных богов высотой до 4 этажа, а вокруг – фигурки менеджеров в черных пиджаках."Изображение языческих богов на здании, в котором находится православный храм, - это просто кощунство", - считают в епархии.