11 ноября 2005 г. Алексей Пушков выступил на портале КМ.Ru с комментарием в защиту законопроекта "О внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации", который ужесточает контроль за деятельностью неправительственных общественных организаций.

А. Пушков приветствует этот законопроект, уже вызвавший множество возражений. Если в после вступления его в силу закроется большинство некоммерческих общественных организаций, это будет очень хорошо, потому что "значительная часть неправительственных организаций, по сути, превратилась в продолжение государственных структур ... Соединенных Штатов". Большинство из этих организаций работает на Госдепартамент США, они "превращаются в "пальцы" внешней политики США".

Занимаются такие организации в России не общественной, а политической деятельностью: поддерживают оппозицию, так же, как на Украине, в Киргизии и т.п.: "Они являются не столько фактором развития демократии и поддержки демократических институтов... сколько фактором дестабилизации политической обстановки. Их цель одна - ослабить правящие режимы".

"Лидеры многих неправительственных организаций в России ориентируются на те политические силы, которые в принципе не имеют большой поддержки у населения и которые себя уже сильно дискредитировали в глазах народа... Не исключено, что некоторые неправительственные организации не стесняются принимать деньги олигархов, находящиеся в международном уголовном розыске", - обличает А. Пушков, определяет деятельность неправительственных организаций как "антироссийскую" и призывает "отказаться от прямого вмешательства во внутренние дела России под предлогом развития демократии".

Впрочем, важно "не выплеснуть с водой и ребенка": "Одно дело, общественная деятельность, и другое - чисто политические усилия по подготовке в России "оранжевой революции". Принятие законопроекта не должно нанести фатального удара по зарождающимся росткам гражданского общества в стране".