1 октября  2013 года Кузьминский районный суд Москвы взял под арест трех участников нападения на общежитие мигрантов в Капотне: 26-летнего лидера «Щита Москвы» Алексея Худякова, 21-летнего руководителя проекта «Нарко-Стоп» Александра Вознесенского и 17-летнего активиста «Щита Москвы» Хаета Шарифова.

Четвертого фигуранта дела о нападении на общежитие Андрея Пономарева отпустили из изолятора временного содержания по решению следствия.

Худяков был задержан 28 сентября прямо в ОВД «Капотня», где он подавал заявление на стрелявших в него из травматического оружия жителей общежития. Вознесенский был задержан в машине скорой помощи, где ему, получившему огнестрельное ранение в спину, оказывали первую помощь.

Суд должен был рассмотреть вопрос о мере пресечения в день задержания, но тогда слушание было отложено «для сбора дополнительных доказательств».

По версии следствия, Худяков был возле общежития 27 сентября и выбивал двери. На месте преступления был обнаружен рюкзак, внутри которого находились пропуск на имя студента 4 курса Московского технологического института Андрея Вознесенского, а также бейсбольная бита, пластиковые наручники, плеер iPod c надписью «Москва гостям не верит». У Вознесенского был изъят мобильный телефон с наклейкой «Россия для русских».

Худяков и Вознесенский высказали возражения против ареста. Вознесенский назвал доказательства следствия сфальсифицированными, а Худяков указал на то, что он «по первому требованию» отдал полицейским все фото- и видеоматериалы. Лидер «Щита Москвы» также заявил, что «неоднократно помогал оперативникам в их работе».

По факту нападения было возбуждено дело по ч. 2 ст. 213 УК (хулиганство).

Кроме того, было возбуждено дело об организации «нелегальной миграции». В рамках этого дела задержана старший мастер участка ООО «Галс-сервис», 45-летняя гражданка Украины Лариса Назаренко.

По информации СМИ,  был задержан и уроженец Дагестана Шахбанов, который стрелял из травматического пистолета.